Dupa invingerea dusmanului lor, The Shredder, Testoasele s-au despartit. Incercand sa le reuneasca, maestrul Splinter e din ce in ce mai ingrijorat de multimea de monstri care incep sa apara in New York. Ei au o stransa legatura cu intunecatele intentii ale industriasului Max Winters, care vrea sa deschida un portal in timp. Numai superechipa de luptatori ninja, formata din Leonardo, Donatello, Michelangelo si Rafaello, alaturi de vechii lor aliati, April O'Neil si Casey Jones, ii poate sta in cale...